巧克力囊肿不是必须手术的。
巧克力囊肿的治疗方法有手术治疗、保守治疗、药物治疗。巧克力囊肿的处理要根据患者的年龄、症状、病变的部位，以及对生育的要求进行个体化的治疗。
如果巧克力囊肿比较小，并没有严重的痛经症状，可以考虑选择药物治疗。药物治疗也能够抑制卵巢巧克力囊肿的继续发展，特别适合有慢性盆腔疼痛、月经期间疼痛的患者。
如果有生育要求，而且卵巢巧克力囊肿并不是特别大的患者，可以正常备孕。一旦备孕成功之后，在怀孕期间卵巢巧克力囊肿是处在逐渐萎缩的状态，也有利于缓解卵巢巧克力囊肿的症状。
巧克力囊肿不是必须手术的。 巧克力囊肿的治疗方法有手术治疗、保守治疗、药物治疗。巧克力囊肿的处理要根据患者的年龄、症状、病变的部位，以及对生育的要求进行个体化的治疗。 如果巧克力囊肿比较小，并没有严重的痛经症状，可以考虑选择药物治疗。药物治疗也能够抑制卵巢巧克力囊肿的继续发展，特别适合有慢性盆腔疼痛、月经期间疼痛的患者。 如果有生育要求，而且卵巢巧克力囊肿并不是特别大的患者，可以正常备孕。一旦备孕成功之后，在怀孕期间卵巢巧克力囊肿是处在逐渐萎缩的状态，也有利于缓解卵巢巧克力囊肿的症状。
巧克力囊肿虽然是种良性疾病，但它具有恶性行为。如是因为不怀孕查出有巧囊，手术目的就是促使怀孕，最好的手术方式是在腹腔镜下巧囊的完整剥除，还有彻底的盆腔冲洗。另外是对输卵管的检查，有时会通过子宫注入液体来检查输卵管的通畅度，还有对于盆腔黏连的彻底松解，术后要盆腔内注入防止黏连的药物。术后最好半年之内在医生的指导下尽快受孕，半年后受孕几率就会下降，而且复发的机会也会增加。
巧克力囊肿一般直径在5厘米以上时，就建议进行手术治疗。 随着巧克力囊肿的逐渐增大，其出现并发症的风险有所增高。巧克力囊肿增大，可由于运动后出现囊肿扭转，引起血供的阻断，导致卵巢的坏死。还有可能由于囊肿破裂，囊液流入腹腔，导致盆腔内的子宫内膜异位症，同时还有可能导致卵巢周围出现炎性粘连的情况发生，对以后女性的生育都有可能造成影响。 手术治疗可考虑通过腹腔镜下的囊肿剥离术，但是40%的患者在手术后会出现复发，所以手术后通常还会进行药物治疗，来预防复发的情况发生。
巧克力囊肿实际上对女性来说，是一个不太好治的疾病，也比较困扰的一种疾病。它属于子宫内膜异位症的一种，这一类的病，来月经的时候会疼痛；另外患子宫内膜异位症的患者，她不孕的概率比正常女性要高很多，并且有些巧克力囊肿它有癌变的可能性，也有恶性变的可能。
小的卵巢巧克力囊肿是不严重的，但如果巧克力囊肿比较大，就比较严重。 小的巧克力囊肿，可以暂时观察，如果痛经不是很严重，不需要治疗。但如果巧克力囊肿比较大，必须要做手术治疗，因为这种情况有可能会出现巧克力囊肿的破裂，一旦破裂以后，就会引起严重的下腹部疼痛，或者是盆腔内出现广泛的粘连，会引起慢性盆腔痛，并且会造成不孕症。 出现了卵巢巧克力囊肿，要根据病人的症状、体征以及有没有生育要求，确定下一步的治疗方法。如果是小的巧克力囊肿，宫腔内可以放置左炔诺孕酮缓释系统，这是一种治疗巧克力囊肿的环，这种环对于子宫内膜异位症、子宫腺肌病是比较有效的。
保守手术是相对根治手术而言，巧囊的保守手术是囊肿的剥除术。而半保守或者说是半根治手术，指的是一侧附件的切除手术。切除一侧的卵巢和输卵管，对于没有生育要求或者是年龄相对较大的女性，如果患有巧囊的话，医生会建议切除一侧的附件。这种手术也有一定的复发率，即使手术很彻底，术后也要应用6个月的药物防止复发。如果是复发性的巧囊，年龄在40岁以上，或者是症状比较重，建议做根治性手术。根治性手术指的是全子宫和双侧附件的切除。另外在做一侧附件切除的同时，我们一般会建议对对侧的输卵管进行结扎，因为巧囊的发病机制是经血逆流，所以结扎输卵管也就一定程度上阻止了另一侧巧囊的发生，同时对卵巢癌的预防也有一定的作用。
