巧克力囊肿一般直径在5厘米以上时，就建议进行手术治疗。
随着巧克力囊肿的逐渐增大，其出现并发症的风险有所增高。巧克力囊肿增大，可由于运动后出现囊肿扭转，引起血供的阻断，导致卵巢的坏死。还有可能由于囊肿破裂，囊液流入腹腔，导致盆腔内的子宫内膜异位症，同时还有可能导致卵巢周围出现炎性粘连的情况发生，对以后女性的生育都有可能造成影响。
手术治疗可考虑通过腹腔镜下的囊肿剥离术，但是40%的患者在手术后会出现复发，所以手术后通常还会进行药物治疗，来预防复发的情况发生。
巧克力囊肿一般直径在5厘米以上时，就建议进行手术治疗。 随着巧克力囊肿的逐渐增大，其出现并发症的风险有所增高。巧克力囊肿增大，可由于运动后出现囊肿扭转，引起血供的阻断，导致卵巢的坏死。还有可能由于囊肿破裂，囊液流入腹腔，导致盆腔内的子宫内膜异位症，同时还有可能导致卵巢周围出现炎性粘连的情况发生，对以后女性的生育都有可能造成影响。 手术治疗可考虑通过腹腔镜下的囊肿剥离术，但是40%的患者在手术后会出现复发，所以手术后通常还会进行药物治疗，来预防复发的情况发生。
巧克力囊肿并不以大小来判断其严重程度。 虽然巧克力囊肿是一种卵巢的良性疾病，但其生长方式与恶性肿瘤有相似之处，且囊肿容易出现破裂。其内容物流出进入盆腹腔后，可导致盆腹腔多个部位出现巧克力囊肿的转移病灶，继而会引起类似于疼痛的临床症状。 当发现巧克力囊肿时，应该及时予以治疗，以手术治疗为主。随着囊肿的增大，囊肿出现自发性破裂的风险也在逐渐增高。巧克力囊肿并不需要等到囊肿增大到一定体积后再进行手术，越早手术对身体的影响相对会越小。手术后还可以通过适当的药物治疗预防复发。
巧克力囊肿虽然是种良性疾病，但它具有恶性行为。如是因为不怀孕查出有巧囊，手术目的就是促使怀孕，最好的手术方式是在腹腔镜下巧囊的完整剥除，还有彻底的盆腔冲洗。另外是对输卵管的检查，有时会通过子宫注入液体来检查输卵管的通畅度，还有对于盆腔黏连的彻底松解，术后要盆腔内注入防止黏连的药物。术后最好半年之内在医生的指导下尽快受孕，半年后受孕几率就会下降，而且复发的机会也会增加。
肝囊肿多大需要手术： 1、在临床上，肝囊肿手术的标准一般需要囊肿直径大于5厘米，或者短期内囊肿增长比较快，或者出现压迫症状，是需要手术治疗的。肝囊肿是肝脏的良性疾病，不会随着时间的延长而转变为恶性，所以不需要太过紧张。 2、肝囊肿手术是腹腔镜下肝囊肿的开窗引流，术后复发率比较低，或者是彩超引导下的穿刺引流，手术创伤比较小，但需要反复多次，而且术后容易复发。
保守手术是相对根治手术而言，巧囊的保守手术是囊肿的剥除术。而半保守或者说是半根治手术，指的是一侧附件的切除手术。切除一侧的卵巢和输卵管，对于没有生育要求或者是年龄相对较大的女性，如果患有巧囊的话，医生会建议切除一侧的附件。这种手术也有一定的复发率，即使手术很彻底，术后也要应用6个月的药物防止复发。如果是复发性的巧囊，年龄在40岁以上，或者是症状比较重，建议做根治性手术。根治性手术指的是全子宫和双侧附件的切除。另外在做一侧附件切除的同时，我们一般会建议对对侧的输卵管进行结扎，因为巧囊的发病机制是经血逆流，所以结扎输卵管也就一定程度上阻止了另一侧巧囊的发生，同时对卵巢癌的预防也有一定的作用。
这巧克力囊肿的切除主要是看它大小，如果大小还比较小，这种情况下切完了以后，如果生育年龄的妇女，激素水平还相对比较高，而这个子宫内膜异位症，它是跟激素是依赖型，跟激素水平相关的，水平高它还会有复发，而且反复复发，所以这种情况下比较小不能无限制地做一次手术，如果它大到一定程度了，达到手术的指征了或者特别大了以后，因为卵巢子宫内膜异位囊肿或者这巧克力囊肿最大能在25厘米，那这么大的情况下它有破裂的风险，有些扭转的风险，这个时候应该做手术。
