保守手术是相对根治手术而言，巧囊的保守手术是囊肿的剥除术。而半保守或者说是半根治手术，指的是一侧附件的切除手术。切除一侧的卵巢和输卵管，对于没有生育要求或者是年龄相对较大的女性，如果患有巧囊的话，医生会建议切除一侧的附件。这种手术也有一定的复发率，即使手术很彻底，术后也要应用6个月的药物防止复发。如果是复发性的巧囊，年龄在40岁以上，或者是症状比较重，建议做根治性手术。根治性手术指的是全子宫和双侧附件的切除。另外在做一侧附件切除的同时，我们一般会建议对对侧的输卵管进行结扎，因为巧囊的发病机制是经血逆流，所以结扎输卵管也就一定程度上阻止了另一侧巧囊的发生，同时对卵巢癌的预防也有一定的作用。
保守手术是相对根治手术而言，巧囊的保守手术是囊肿的剥除术。而半保守或者说是半根治手术，指的是一侧附件的切除手术。切除一侧的卵巢和输卵管，对于没有生育要求或者是年龄相对较大的女性，如果患有巧囊的话，医生会建议切除一侧的附件。这种手术也有一定的复发率，即使手术很彻底，术后也要应用6个月的药物防止复发。如果是复发性的巧囊，年龄在40岁以上，或者是症状比较重，建议做根治性手术。根治性手术指的是全子宫和双侧附件的切除。另外在做一侧附件切除的同时，我们一般会建议对对侧的输卵管进行结扎，因为巧囊的发病机制是经血逆流，所以结扎输卵管也就一定程度上阻止了另一侧巧囊的发生，同时对卵巢癌的预防也有一定的作用。
巧克力囊肿虽然是种良性疾病，但它具有恶性行为。如是因为不怀孕查出有巧囊，手术目的就是促使怀孕，最好的手术方式是在腹腔镜下巧囊的完整剥除，还有彻底的盆腔冲洗。另外是对输卵管的检查，有时会通过子宫注入液体来检查输卵管的通畅度，还有对于盆腔黏连的彻底松解，术后要盆腔内注入防止黏连的药物。术后最好半年之内在医生的指导下尽快受孕，半年后受孕几率就会下降，而且复发的机会也会增加。
巧克力囊肿一般直径在5厘米以上时，就建议进行手术治疗。 随着巧克力囊肿的逐渐增大，其出现并发症的风险有所增高。巧克力囊肿增大，可由于运动后出现囊肿扭转，引起血供的阻断，导致卵巢的坏死。还有可能由于囊肿破裂，囊液流入腹腔，导致盆腔内的子宫内膜异位症，同时还有可能导致卵巢周围出现炎性粘连的情况发生，对以后女性的生育都有可能造成影响。 手术治疗可考虑通过腹腔镜下的囊肿剥离术，但是40%的患者在手术后会出现复发，所以手术后通常还会进行药物治疗，来预防复发的情况发生。
巧克力囊肿大多数情况下没有明显的症状，只是妇科检查或者是B超检查时被发现。 较大的巧克力囊肿可以出现频繁的破裂，囊液流入盆腔，在盆腔受炎症刺激后形成粘连，包括卵巢组织会导致卵巢的激素分泌、卵子的排出出现异常，进而影响女性的月经以及女性的受孕。 当发现卵巢的巧克力囊肿时，需要及时的进行手术治疗，切除病灶以后，复发率仍然较高，还需要通过药物治疗的方式预防复发。如果有受孕的需求可在进行手术和药物治疗以后，尽快的安排受孕。
巧克力囊肿的病因目前尚不十分清楚，有几种因素可供参考。 常见的原因是考虑经血逆流，是由于月经期子宫内膜的组织经过宫腔、输卵管，在卵巢表面种植，而形成的巧克力囊肿。也可能是由于卵巢表面的细胞，通过外在的刺激，而分化成为了子宫内膜样组织，继而形成了巧克力囊肿。 巧克力囊肿出现以后，大多没有明显的症状，如果逐渐增大，有可能导致囊肿破裂，形成了盆腔内的炎性反应以及组织纤维化，导致卵巢与临近器官组织紧密粘连，形成囊肿固定、不活动，影响卵巢的激素分泌以及卵子的排出。
巧克力囊肿形成的原因目前尚不完全清楚，考虑有以下几种原因： 1、由于经血逆流，子宫内膜的腺上皮和间质细胞，可随经血沿输卵管进入盆腔，在卵巢表面种植，继续生长蔓延，形成卵巢的子宫内膜异位囊肿； 2、由于卵巢表面的上皮受到了某些刺激，继而出现了化生，发育成为了子宫内膜异位的病灶。 3、也可能是由于遗传、免疫和其他因素，继而导致了子宫内膜在卵巢部位生长，但具体的原因尚不完全清楚。 巧克力囊肿大多没有典型的临床症状，多是B超检查时被发现，发现后可以通过药物或者手术的方式进行治疗。
