胃肠间质瘤的预后总体要比胃癌的预后好得多。 一些低危的胃肠间质瘤患者手术以后就可以认为是治愈，不需要进行靶向药物治疗，每年或每半年复查一次就可以了，在靶向药物应用以前一些中高危的胃肠间质瘤患者的五年存活率平均是66个月，五年存活率是50%多一点，靶向药物伊马替尼问世以后胃肠间质瘤的五年存活率大幅度的提高，口服一年的靶向药物伊马替尼，五年存活率能达到82.2%，口服五年 三年靶向药物伊马替尼的患者的五年存活率能达到90%多，从这些数字就可以看出胃肠道间质瘤的预后是非常好的，尤其是在靶向药物伊马替尼问世以后，极大地改善了患者的生存，提高了生存率。

降低胃肠间质瘤术后的复发率主要有两个方面： 1、手术过程中要保证完整切除，不破裂，切缘是阴性，所以对一些巨大的胃肠间质瘤患者要进行术前治疗，也就是术前口服靶向药物，达到缩小肿瘤，避免术中破裂，减少术中出血和风险的目的，这样也可以保证切缘的阴性； 2、对一些高危的胃肠间质瘤患者和中危的胃肠间质瘤患者，术后要进行靶向药物治疗，首先选取一线靶向药物伊马替尼治疗，研究发现对于一些高危的胃肠间质瘤患者口服三年的靶向药物的效果要远大于口服一年的，靶向药物治疗的患者，口服三年的中高危的，靶向药物的胃间质瘤的患者的五年存活率可能达到83%左右，而口服一年的靶向药物的患者五年存活率要低于这些口服三年的靶向药物治疗的患者。

小间质瘤是指一些＜2cm的胃间质瘤，＜1cm的胃间质瘤，叫微小间质瘤，大量的研究发现大约20%的人群有小间质瘤和微小间质瘤，而这些人群大部分没有处理，肿瘤与人群共生也没有出现临床症状。 而对于一些小间质瘤来说如果胃镜发现有一些不良因素，比如边界不规整、有溃疡、异质性和强回声，具有这些不良因素的，胃间质瘤患者要积极的手术治疗，虽然这些患者没有临床症状。 而对于一些有临床症状，比如上腹不适、疼痛等这些症状的患者，也要进行积极的手术治疗，还有一部分患者病变位于特殊部位，比如胃食管结合部、直肠、十二指肠，如果这些部位的小间质瘤或微小间质瘤长大以后手术会给患者的生活和工作以及经济方面带来很大的困难，所以要积极的处理，还有一部分小间质瘤的核分裂象大于五个每五十个高倍视野，这些患者可能需要靶向药物治疗。

伊马替尼治疗胃肠道间质瘤存在很多争议。它的疗效还是比较好的，比如伊马替尼治疗胃肠道间质瘤的实现的问题，对一个中高危危险度的胃肠道间质瘤患者，口服伊马替尼一年、三年，还是五年，当然口服格列维三年的患者五年的复发率和生存率明显好于一年的患者，这些患者一直吃下去，还是吃三年就正好，这现在是一个争议的问题，我们国家和一些欧美的国家正在开展大规模的临床事业，观察三年-五年口服靶向治疗药物的患者和口服三年的患者的疗效进行比较，还有靶向治疗药物的适应症的问题，低危的患者，还有一些中危的患者，是否要口服靶向治疗药物，胃肠道间质瘤破裂的患者是把他当作复发的患者进行终身的服药，还是当做高危的患者，服用三年、五年就可以，这需要临床观察。

胃肠道间质瘤的危险度评估目前用的还是2008年的NIH分级标准，主要包括肿瘤的部位、肿瘤的大小、核分裂象以及肿瘤是否破裂。以胃的为例，肿瘤＜2cm，核分裂象每五十个高倍视野小于五个，这属于低危危险；肿瘤介于2-5cm之间，核分裂象大于五个的，以及肿瘤介于5-10cm之间，核分裂象每五十个高倍视野小于五个的，属于中危险度；对于胃的间质瘤＞10cm，或者是核分裂象大于五个每高倍视野的，都属于高复发危险度。对于任何一个胃的间质瘤，如果术中破裂都认为是高危险度的。