扁桃体凹凸不平可能是正常的，也可能是出现扁桃体炎、扁桃体肉芽肿导致的异常现象。
1、正常现象：可能是扁桃体表面隐窝引起的，如果没有出现疼痛、麻木等不适症状，就属于正常的现象，不需要过度担心。
2、扁桃体炎：常由自身免疫力低下，导致细菌或者病毒入侵使扁桃体引起，这类患者可出现扁桃体黏膜破损，并且在修复后形成疤痕，表现出凹凸不平的现象。
3、扁桃体芽肿：可能是经常进食辛辣刺激性的食物，长期抽烟喝酒等，导致扁桃体受刺激引起的，这类患者的扁桃体的表面会形成肉芽肿，如果没有不适症状，可定期观察，如果有疼痛、异物感等不适，可进行手术切除。
除了上述原因外，少数人可由淋巴滤泡增、乳头状瘤引起。