Y染色体比X染色体少多少基因是不确定的。
Y染色体和X染色体有同源部分和非同源部分，同源部分它们的基因是一样多的，但是因为X染色体比Y染色体长了非同源的一段，因此X染色体比Y染色体多了非同源那一段的基因，但具体数量是不确定的，因为每个人的基因是有所不同的。
X染色体是XY型性别决定生物染色体组中的一种特殊性染色体。对一般人类来说，女性的一对性染色体是两条大小，形态相似的X染色体，男性则X、Y染色体各有一条。Y染色体是决定生物个体性别的一种性染色体的，男性的一对性染色体包含一条大的X染色体和一条较小的Y染色体。在雄性是抑制性的性决定的生物当中，雄性所具有的，而雌性所没有的性染色体就叫做Y染色体。雌体有相同的性染色体时，雌性染色体称为X染色体。在性别决定上，XX为雌性，XY为雄性，X或者Y染色体都决定生物个体的性别，都出现在性别决定系统中。对一般人类而言，女性的一对性染色体是2条大小、形态相似的X染色体，男性的性染色体则是X、Y染色体各有一条。