智力基因在X染色体上。
人体共有23对染色体（22对常染色体和1对性染色体）。在有不同性别的生物体内，有两个基本类型的染色体，一个是常染色体另一个是性染色体，常染色体和性染色体X都有基因。常染色体控制着除性联遗传特征以外的全部遗传特征，性染色体控制性联遗传特征。男女的性染色体不同，女性则有两个X性染色体，男性由一个X性染色体和一个Y性染色体组成，所以部分基因决定了智商，它们都在X染色体上，而在非性染色体上的大约70个基因影响着智力。第5,9,10,13,18,21,22号染色体的异常都会导致智力障碍。
智商确实有一定的遗传性，遗传对智力的影响大概会占到50%-60%。父亲和母亲对孩子的智商都会有着一定的影响，相对来说妈妈的影响会较大。如果妈妈聪明，生下的孩子大多智商比较高，如果是男孩子，更为明显。由于与智商有关的基因在X染色体上，女性有两个X染色体，男性为XY，所以妈妈的智力在遗传中占有比较重要的位置。
智力除了与遗传有关，与环境、营养、教育等后天的因素也密切相关，所以对于存在智力低下的患者，通过后天的训练，也能一定程度上得到改善。