基因缺失不是基因突变，基因缺失是染色体缺失，属于染色体结构变异。
缺失是指染色体上某一区段及其带有的基因一起丢失，从而引起变异的现象。
简单来讲，如果把基因比作一个学生，那么染色体大概就是一个班级，基因组就相当于一个学校。
首先，从分子水平上来看，基因突变就是DNA分子上发生碱基改变。突变的原因可能来自于遗传过程中复制的自发性改变，称为自发突变。也可能通过一些物理或化学手段的处理使DNA发生突变，这种人工手段引起的DNA突变，称为诱变。
其次，对于两者而言，基因突变可以是DNA分子中碱基对的增添、缺失和替换所引起的基因结构的改变。染色体变异包含缺失、重复、倒位、易位。
最后，两者的不同点有以下两点：第一点是新基因的产生。基因突变只是指DNA分子中发生的碱基对的替换、添增和缺失从而引起的基因结构的突变，可以产生新基因。染色体缺失可以说是染色体变异，不会引起基因的变化，也就是不会有新基因产生。
第二点是变异的范围。基因突变是局部、小范围的变异，染色体的结构变异是指更大范围的变异。