(一)牙源性颌骨囊肿源性颌骨囊肿发生于颌骨而与成牙组织和牙有关。根据其来源不同，分为以下几种：
1、根尖囊肿是由于根尖肉芽肿、慢性炎症的刺激，引起牙周膜内的上皮参残余增生。增生的上皮团中央发生变性与液化，周围组织液不断渗出，逐渐形成囊肿，故亦可称根尖周囊肿。
2、始基囊肿始基囊肿发生于成釉器发育的早期阶段，牙釉质和牙本质形成之前，在炎症或损伤刺激后，成油器的星网状层发生变性，并有液体渗出，蓄积其中而形成囊肿。
3、含牙囊肿含牙囊肿又称过滤泡囊肿，发生于牙冠或牙根形成之后，在缩余釉上皮与牙冠面之间出现液体渗出而形成含牙囊肿。可来自1个牙胚(含1个牙)，也来自多个牙者。含牙囊肿是最常见的牙源性颌骨囊肿之一，占18%%，仅次于根尖囊肿。
4、牙源性角化囊肿角化囊肿系来源于原始的牙胚或牙板残余，有人认为即始基囊肿。角化囊肿有典型的病理表现，囊壁的上皮肌纤维包膜均较薄，在囊壁的纤维包膜内有时含有子囊(或称卫星囊腔)或上皮岛。囊内为白色或黄色的角化物或油脂样物。占牙源性颌骨囊肿的9.2%。
(二)非牙源性囊肿非牙源性嫩中是由胚胎发育过程中残留的上皮发展而来，故亦称非牙源性外胚叶上皮囊肿。
1、球上颌囊肿发生于上颌侧切牙与尖牙之间，牙常被排挤而移位。X线片上显示囊肿阴影在牙根之间，而不在根尖部位。牙无龋坏变色，牙髓均有活力。
2、本腭囊肿位于切牙管内或附近(来自切牙管残余上皮)。X线片上可见到切牙管扩大的囊肿阴影。
3、正中囊肿位于切牙孔之后，腭中缝的任何部位。X线片上可见缝间有圆形囊肿阴影。亦可发生于下颌正中线处。
4、鼻唇囊肿位于上床底和鼻前庭内。可能来自鼻泪管上皮残余。囊肿在骨质的表面。X线片上骨质无破坏现象。在口腔前庭外侧可扪出囊肿的存在。