引起水囊肿的因素比较多，与水囊肿的具体类型有关，常见类型包括脑囊肿、肝囊肿以及卵巢囊肿。
1、脑囊肿：主要由先天性疾病引起，包括蛛网膜囊肿、脑室内囊肿、脑实质内囊肿以及透明隔囊肿等。
2、肝囊肿：可由遗传因素、创伤、肿瘤、肝内梗阻、胆道囊肿等引起。
3、卵巢囊肿：发病主要与垂体分泌促黄体素不足有关，包括卵泡囊肿和黄体囊肿。
水囊肿属于良性病变，一般不会对机体造成明显的不利影响，如果囊肿较大，或者是定期检查时发现囊肿有增大趋势，可以进行手术治疗，将囊肿切除，通常预后较好。
除了上述类型外，还有肾囊肿、前列腺囊肿等。