现在我们超声内镜最多的还是做一些，胰胆系的疾病。比如说做胰腺的假性囊肿的穿刺，比如说我们做一些比较高位的胆管的梗阻的穿刺引流，比如说我们做一些大的壁外的一些肿瘤的穿刺、活检，这都是能够通过超声内镜来解决的。比如说有一些胰腺，或者说是胃壁外的一些肿瘤，我们通过超声内镜的穿刺，给它放粒子来进行，在肿瘤内部投射放射源进行放疗。
现在我们超声内镜最多的还是做一些，胰胆系的疾病。比如说做胰腺的假性囊肿的穿刺，比如说我们做一些比较高位的胆管的梗阻的穿刺引流，比如说我们做一些大的壁外的一些肿瘤的穿刺、活检，这都是能够通过超声内镜来解决的。比如说有一些胰腺，或者说是胃壁外的一些肿瘤，我们通过超声内镜的穿刺，给它放粒子来进行，在肿瘤内部投射放射源进行放疗。
比如说你有一些胰腺的疾病，然后诊断不是很清楚，我们通过超声内镜，进行明确的诊断并且给予穿刺。有一些不适合于做ERCP的患者，我们可以通过超声内镜，来做高位的胆管的一些引流或者探查，你都能够看得很清楚。另外一些黏膜病变，我们可以用小探头超声，我们在普通内镜下，一个小探头超声，然后探查组织。因为小探头超声它的频率高，看得非常精细，能看到你病变是来自哪个层次。尤其是一些早期的一些肿瘤叫早癌，看看有没有侵犯到黏膜下层，能不能做治疗。
随着内镜技术的进展和内镜器械的发展，现在内镜可以治疗的疾病是比较广泛的，甚至原来需要外科治疗的一些疾病，现在内镜也已经参与到这些疾病的治疗，现在可以治疗的有溃疡、消化道出血、狭窄、恶性或者是良性的狭窄。可以通过放支架扩张来来解除，还有一个静脉曲张，出血通过组织胶注射，硬化肌注射套扎治疗，还有一个早癌通过内镜下黏膜剥离术，可以达到治愈的效果，胆管结石恶性狭窄、良性狭窄，还有胰管结石，贲门失迟缓等，目前都可以通过内镜下来治疗。
在超声内镜的介导可以做进一步的内镜下的治疗。息肉、囊肿、脂肪瘤、黏膜肌层的病变只要不超过黏膜下的病变都可以。内镜下的黏膜切除治疗，套扎也可以先用超声判断然后再做，还有好多早癌都是用超声判断它的深浅，判断它侵入的层次，然后做镜下的ESD治疗。
胃肠道疾病内镜治疗优势包括早期发现早期治疗。 在没有胃肠镜之前，胃肠道内部的很多疾病都是难以诊断，难以确诊的，当时的手段，包括X光，包括钡餐透视，甚至CT、影像学检查，并不能很好的确诊胃肠道内部的疾病，那么更谈不上胃肠道黏膜疾病的治疗，尤其对于一些容易癌变的病变，更起不到很好的，早期发现早期治疗的目的，这样消化内镜在胃肠道疾病的治疗方面就凸显出了巨大的优势。我们可以把内镜钻到患者的胃腔内、食管内或者肠腔内进行一个很好的直观的观察，发现一些特殊的微小的或者早期的病灶，我们就可以通过内镜进行非常微创的处理和切除，达到一个非常良好的治愈的目的。
超声内镜的禁忌症跟胃镜是一样的，比如说他不能配合插管，好比说患者烦躁，出现严重的食道的烧伤，或者口腔进不去这个就是做不了。另外就是说严重的心脑血管疾病的情况下，急性期，这时候不到万不得已我们不下镜。因为这时候可能会加重病情，或者是引发更严重的问题这都是相对禁忌。
