性别认知障碍的表现为对自身的性别和生理结构感到厌恶，穿着打扮以及行为特征像异性，兴趣爱好也会偏向异性。
性别认知障碍又称性别认同障碍，属于自我意识障碍的一种，是指一个人在心理上无法认同自己天生的性别，认为自己应该属于另一种性别，或是深信自己就是另一种性别，目前病因不明，可能与遗传因素、社会环境、家庭环境等有关，多在幼年时期就出现症状，但多数患者会在成人期缓解，认同自己与生俱来的性别，极少数（约16%）会在成年以后持续存在性别认同障碍，并强烈希望通过医学手段完全改变性别。
性别认同障碍的患者非常厌恶自身的性别以及生理结构，最初可表现为穿着、行为、兴趣爱好偏向异性，如小男孩喜欢和女生一起玩过家家、洋娃娃，想穿裙子，留长发，而不喜欢和男生一起去玩玩具或是穿男装，女孩则相反。
性别认同障碍患者的生活、社交、学习、工作会受到严重影响，需引起重视，一旦怀疑自己或孩子出现了类似症状，应及时就医，查明原因，让医生判断是否能通过心理咨询、药物干预等方法“转变”患者的想法。通常经过规范的治疗，部分患者可以降低或消除性别困扰，但部分愿望特别强烈的患者，会不愿意改变自己的想法，坚持转变性别。