性别认知障碍可能是天生的，也可能是后天因素导致的。
性别认知障碍通常是指不能认同自己的生理性别，该病症可能是先天性遗传因素所引起，这类患者的染色体异常会导致性与性别的基因排列一致，也有部分是周围环境、社会氛围、个人遭遇等后天因素导致的，还有部分患者的病因不能明确。
这类人群的主要症状表现为强烈要求认同异性的性别。长此以往，可能会引起焦虑、抑郁等并发症，还有部分患者会诱发自闭症。同时还有可能是大脑皮质受到破坏，从而导致心理方面出现异常，容易出现失调的现象。
该病症治疗较为困难，可以通过性别重塑术来治疗，术前进行激素治疗和心理治疗，可以根据患者的性别来制定治疗方案。手术后的患者需要对相关的器官进行筛检，恢复期间要控制体重，做到戒烟戒酒。