4号染色体异常的原因可能是由遗传因素或者胎儿期受到外界刺激，以及近亲结婚等。
4号染色体异常可能是由外界环境刺激引起的，譬如孕妇进行化疗或者放疗治疗，接触高水平的辐射环境等都可导致胎儿出现4号染色体异常等情况。其次，近亲婚配者的胎儿，比一般人群的子女染色体异常的发生概率高。
4号染色体异常也可能是由遗传引起的，如果父母存在染色体异常的情形，其子女发生染色体异常的概率较大。如果在怀孕初期，即胎儿发生畸形的高发期感染诸如风疹病毒、弓形体等病原体，或者服用导致畸形诸如强力霉素等抗生素类的药物，都可能加大胎儿出现染色体异常的风险。孕妇可以做无创DNA检查，结合检查结果再做考虑。
建议孕妇在孕期不要接触有辐射的东西，要注意休息，定期体检，合理补充叶酸。可以通过羊水穿刺，来确定是否畸形。如果确诊胎儿存在4号染色体异常，在终止妊娠后，夫妻双方可以通过做染色体检测排查，如果双方检查结果均正常，是可以再次怀孕的。