男性精子染色体异常可由环境因素、内分泌因素、先天性遗传因素以及用药因素等导致，多属于先天性疾病或后天精子染色体变异。
男性长期服用某类药物可能会影响精子，对胎儿产生不良影响。如常见的一些免疫药物，会直接干扰精子DNA合成，引起基因中遗传物质改变、染色体异常和精子畸形。这些药物还可能会增高低体重儿和畸形胎的发生概率和围产期胎儿死亡率。
对于环境因素、内分泌因素等后天引起的精子染色体异常，脱离放射、高温环境，积极治疗原发病，休养一段时间，精子染色体可转正常。备孕期间不要抽烟，喝酒，可以有效提升精子的质量，同时要注意保持良好的作息习惯不要长时间的熬夜。
当男性为先天性精子染色体异常，可以到三甲医院生殖中心尝试做试管婴儿，辅助生育下一代。先天性精子染色体异常在目前医学条件下不能通过药物或手术进行逆转治愈。
男性的常规染色体共23条，有22条常染色体，1条性染色体，若出现多余的染色体，就会使得精卵结合以后，引发遗传性疾病的出现。