两岁宝宝不爱吃饭半夜哭闹可能是消化功能异常、口腔疾病、疱疹性咽峡炎等因素引起的，如果症状比较严重，可以到当地正规医院进行全面的检查，明确病因并采取相对应的治疗。
1、消化功能异常：两岁宝宝由于年龄比较小，胃肠道的消化功能本身就比较弱，如果进食过凉或者重盐、油腻食物，就很可能引起消化功能的异常，导致宝宝不爱吃饭。建议平时要让孩子养成良好饮食习惯，多吃一些清淡易消化的食物，少吃一些油腻辛辣刺激性的食物，也可以在医生的指导下使用益生菌来调理肠胃。
2、口腔疾病：如果两岁宝宝口腔出现一些问题，比如牙龈炎、口腔溃疡等，在吃饭的时候可能会引起口腔部位的疼痛，所以会不爱吃饭，半夜出现疼痛也会哭闹影响睡眠，建议遵医嘱使用药物进行治疗，比如西瓜霜喷剂、制霉菌素片、珠黄散等。
3、疱疹性咽峡炎：两岁宝宝如果患有疱疹性咽峡炎会出现咽部的疼痛、流口水、发热等症状，宝宝通常会不爱吃饭并在夜间容易哭闹，建议及时遵医嘱进行抗病毒的治疗，比如使用蒲地蓝消炎口服液、健儿清解液等。
两岁宝宝不爱吃饭半夜哭闹应及时进行治疗，避免因营养不良而影响宝宝的正常生长发育。