目前临床观察来看，肠上皮化生一般不可以逆转，一旦发生很难治愈。但是可以通过药物治疗和食物治疗相结合的方法来缓解因为肠上皮化生引起的不适症状，能够避免病情进一步加重。
肠上皮化生胃黏膜固有腺体被大肠粘膜所取代，通常来说肠上皮化生在胃黏膜中的分布是不均匀的，一般来说无法一次性根除，只能通过采取药物和食物治疗的方法来控制病状缓解病情。肠化生在治疗的过程中要注意使用保护胃黏膜的药物，来消除对胃黏膜的一些损伤，能够增强胃粘膜粘液的分泌，延长胃上皮细胞寿命及轻度抑制胃蛋白酶的活力，能保护胃粘膜不受胆汁的损伤，还有硫铝糖，能够阻止胃酸对胃粘膜的侵蚀。
患者要放松心情，不必过于焦虑担心，要清楚肠上皮化生和胃癌的差别，同时要控制或者减少接触，可能会发生肠化生的危险因素，也要控制，可能会产生胃炎的因素，要戒烟戒酒，避免吃过酸、过辣、油煎、烟熏、腌制的食品等，要养成良好的饮食习惯，按时定量的进餐。除此之外还需要到医院定期的进行胃镜检查，及时监测肠化生的变化情况。