肠镜检查并不是比胃镜检查还要痛苦的，由于个人体质不同，以及所选择的检查方式不同，检查时所产生的感觉也有一定的差异，如下：
肠镜检查主要是针对于患者的直肠、结肠等部位，需要将结肠镜从肛门中探入，在检查的时候被检查者可能会出现想排大便的情况，而且还有可能会伴随腹胀、腹痛等症状，但是大多数患者都可以忍受。如果患者的耐受能力比较差，又没有全身麻醉的禁忌症，可以选择无痛肠镜，能够减轻检查所带来的痛苦。
胃镜检查主要是用来明确患者的胃黏膜是否出现了病变，做胃镜时所需要的工具需要从患者的口腔中插入，在检查的时候患者可能会出现恶心、呕吐的症状，也有些患者会出现轻微的疼痛症状。如果无法忍受，患者也可以选择无痛胃镜，在进行胃镜检查时会全身麻醉，整个检查的过程中患者不会出现明显的不适，但在检查结束以后需要观察一段时间。
无论是肠镜检查还是胃镜检查，被检查者都需要积极的配合医生，做完检查之后也需要时刻注意自身的变化，如果出现了明显的不适，需要及时就医，以便早期得到处理。