做鼻腔镜检查不一定会痛苦，具体是否会痛苦和患者的体质有关。
鼻腔镜检查通常指的是鼻内镜检查，在做鼻内镜检查以前一般需要先往鼻腔里喷一些麻药或者是血管收缩剂，能够减少在做鼻腔镜检查时造成的鼻腔不适感，而且在检查的时候使用的鼻腔内镜比较细，对鼻腔刺激感非常小，再加上麻药的作用，在检查过程中不是太痛苦。但是有少数人群，对疼痛刺激敏感性高或者是鼻腔特别狭窄，还有鼻甲肥大的情况下做鼻腔镜检查时有一定的困难，有可能会造成一些痛苦感。
在做鼻腔镜检查时，不要产生过度紧张的心理，和医生多沟通可以减少在检查过程中产生的紧张感，以免出现疼痛，而且做完检查以后要注意鼻腔部位的清洁卫生，保持睡眠充足，吃一些含有维生素的水果或者是蔬菜，不要吃辛辣以及刺激性过强的食物，比如辣椒、生姜等，以免影响到病情的恢复。
如果鼻腔内有炎症感染或者是出现鼻息肉以及鼻咽炎，还有腺样体肥大等不良鼻腔病变时，都需要做鼻腔镜检查来判断病情的严重程度，在检查时要检查正规的医疗机构。