第一天手术切除的标本固定在10%的中性福尔马林溶液中。组织标本的固定是所有后续病理检查的基础。目的是保持离体的组织不会发生腐败以及自融，使细胞的形态得到良好的保存。手术切除的标本固定要12小时到24个小时。第二天经过充分固定的标本在病理医师和技师的配合下完成取材工作，将手术切除的标本通过肉眼观察，将有代表性的肿瘤组织切成2×2厘米，厚度在2~3个毫米左右的组织块。取材后的组织块要放入自动脱水机进行组织的脱水浸蜡处理。脱水和浸蜡的程序大约需要10小时。第三天脱水后的组织块经过石蜡包埋制作成蜡块，再经过切片、染色、封片等制作成病理切片。一张病理切片的制作大约需要40多个步骤。经过这么多步骤以后切片才能交到病理医师的手中。第四天病理医师将制作好的病理切片放在显微镜下观察，结合患者的病史临床表现综合判断，得出最终的病理诊断。第五天病理医师将得出结论的病理报告审核、打印、签名，形成最终的病理报告。

一般来说，目前临床上所提给的这种组织，都是临床医生明确在某个部位取的活检进行了穿刺，临床医生提供给的病理检查申请单都会很详细的标注，比如说是在宫颈取的活检，或者是在乳腺进行的穿刺，这些都是很明确的，临床医生会直接提供给病理医生详细的部位信息，对于有一些临床医生很难通过肉眼很难判断，是哪一种组织，或者是哪一种类型，这个时候就要通过病理来进行确定，这个时候可以通过在显微镜下，来通过细胞形态，以及组织结构，来进行判断，因为人体不同的组织，是有不同的特定的形态，通过肉眼很难判断，但是可以通过显微镜来进行进一步的明确，还有一种就是在手术过程中，很难判断究竟是哪一种组织，这个时候可以通过术中快速冰冻，来进行组织判断，这个时候就叫冰冻的环境，这种术中快速冰冻检查，可以通过术中冰冻的病理，来判断究竟是哪一种组织，会给临床医生一份详细的报告，来告诉他究竟是哪一种组织。

分子病理是在DNA或者是RNA水平的检测与研究对于肿瘤的DNA或者RNA的检测方法有多种，常用的方法以及用途有几下几种：第一，PCR检测方法，这种方法可以检测目前已知的基因突变类型，如肺癌中的EGFR的基因检测。通过检测发现是否存在已知的突变类型，从而为靶向药物的选择，提供依据使肿瘤的治疗更加精准。第二，荧光原位杂交，也就是FISH检测方法。这种方法通常用来检测基因是否存在异位重排或者扩增，如乳腺癌或者胃癌中的HER2基因的检测如果发现有HER2基因扩增，就是应用靶向药物的适应症。此外FISH的检测也可以发现特异性的基因异位或重排，在多种软组织肿瘤中有重要作用，比如滑膜肉瘤中SYT基因的检测。第三，就是基因测序。这种方法也是用来发现基因是否存在突变从而为靶向药物的筛选提供依据。

分子病理主要是对病理中的基因改变进行的一些检测。我们现在手段很多，比如有阿姆斯法，又叫荧光定量PCR，还有高通量二代测序、荧光原位杂交等分子病理检测的手段。现在最常用的就是阿姆斯法，阿姆斯法是荧光定量PCR。它是通过一些快捷的手段，对肺癌、结直肠癌、乳腺癌、胃癌的一些分子病改变，做一个靶向基因的检测。