根据病变肉眼表现，基底细胞癌可分为许多亚型，每种亚型都有自己不同的临床特点、组织学表现、分化程度及生物学行为。基底细胞癌的肉眼所见差别很大，较之详细的组织分型更有意义。
基底细胞癌最常见的表现是脸上的溃疡性结节；其次，往往是由完整表皮所覆盖的皮下结节；另外是扁平的溃疡性病变、红斑性鳞屑性斑块和硬斑样形态，这些都容易识别。呈红斑性鳞屑性斑块和硬斑样外观者，为表浅硬化型基底细胞癌。基底细胞癌常见的发病部位及发病率为头和颈，其余则发生于躯干和四肢。基底细胞癌可同时发生多原发癌，在一项5年的前瞻性研究中，基底细胞癌患者中发生第二原发癌。
镜下观察：真皮内有边界明显的瘤细胞群，胞核较正常稍大，呈卵形或长形，胞浆少，细胞间界限不清，细胞间无间桥，因此，像很多细胞核密布在一个共同浆液中，细胞核染色无显着差异。有时可见细胞多核或核深染或呈不规则星状核。瘤细胞群周围结缔组织增生，在最外层排列成栅状的栓状细胞，瘤组织周围常可见到许多幼稚纤维母细胞及成熟的纤维细胞混杂一起。基底细胞癌间质含有粘蛋白，在制作切片时间质收缩，使间质与肿瘤团块边缘呈裂隙状分离，对本病诊断有一定意义。在组织病理学上基底细胞癌可分为分化型与未分化型两大类。
未分化型可表现为实性型、色素型、纤维化型或硬斑状、浅表型。实性型可见多少不一、形态不同的癌肿团块埋在真皮内；色素型瘤细胞间有较多黑色素；纤维化型或硬斑状型具有显着的结缔组织增生，结缔组织成条束地包绕瘤细胞群；浅表型在表皮下有较多短小的花蕾状瘤细胞团。分化型可出现向毛发结构分化的角化型基底细胞癌，向皮脂腺分化的囊肿型基底细胞癌，向大汗腺分化的腺样基底细胞癌等。
基底细胞癌几乎都以直接浸润的方式扩散，可发生转移，但极少见。
鳞状细胞癌常表现为中心溃疡的皮下结节，但是也可表现为完全扁平而有鳞屑的病变。镜下观察：癌细胞成团块或条索增生侵入真皮内，其中有多少不等的正常和不典型分化不全的鳞状细胞及角化不良细胞。不典型的鳞状细胞愈多，恶性程度愈高，其表现为细胞大小不等，核分裂不典型，染色深，胞浆嗜碱性，无细胞间桥。
分化程度较高者则向角化方向发展的角化鳞状细胞，愈近中心时愈角化，中心可完全角化。根据肿瘤中不典型鳞状细胞所占比例，可将鳞状细胞癌分成四级。I级：瘤组织不超过汗腺水平，不典型鳞状细胞少于，有很多角化珠，真皮内有明显的炎性反应；II级：癌细胞团界限不清，只有少数角化珠，角化珠中心多角化不全，周围炎症反应较轻；m级：不典型鳞状细胞约占50%-75%，大部分没有角化，无角珠，周围炎症反应不显着；IV级：不典型鳞状细胞，核分裂相多，无细胞间桥，无角化。癌细胞小而成梭形，核细长而染色深，伴有坏死和假腺样结构。少数成鳞状的癌细胞和角化细胞可作为诊断依据。