在整个造血干细胞移植的过程中，患者基体的免疫功能，都会受到严重的损害，因此在移植前，我们需要注意预防感染；移植中，我们再把造血干细胞，回输到基体体内以后，造血重建需要一段的时间。这段时间内基体的外周血细胞，尤其是白细胞会极度的缺乏，而白细胞是主要的免疫细胞，所以这时候机体是整个，处于一个没有免疫力的状态，这时候也会发生细菌、病毒、真菌等等的感染；在移植的后期，造血干细胞生成免疫细胞，重建患者的免疫系统，是一个漫长的过程。为了抗排斥反应，我们会服用很多的药物，这些药物都是免疫抑制剂，会使机体的免疫力，进一步的减低，因此在移植后期抗感染，也是一个重要的手段。
在整个造血干细胞移植的过程中，患者基体的免疫功能，都会受到严重的损害，因此在移植前，我们需要注意预防感染；移植中，我们再把造血干细胞，回输到基体体内以后，造血重建需要一段的时间。这段时间内基体的外周血细胞，尤其是白细胞会极度的缺乏，而白细胞是主要的免疫细胞，所以这时候机体是整个，处于一个没有免疫力的状态，这时候也会发生细菌、病毒、真菌等等的感染；在移植的后期，造血干细胞生成免疫细胞，重建患者的免疫系统，是一个漫长的过程。为了抗排斥反应，我们会服用很多的药物，这些药物都是免疫抑制剂，会使机体的免疫力，进一步的减低，因此在移植后期抗感染，也是一个重要的手段。
造血干细胞移植后如何防止发生感染：造血干细胞移植前、移植中、移植后，都有一个至关至关重要的问题就是防止感染。血液病的病人感染都是大事情。所以在移植前、移植中、移植后，都需要高度重视这样一个问题。在移植前我们会给病人做肠道的处理，在进无菌室之前会口服一些肠道不吸收的抗生素进行预防。移植的过程当中，还可能会给病人用一些三唑类的药物，去进行抗真菌的预防。另外还可以用更昔洛韦等等，去做病毒的预防。在移植后上还有一段时间要去做病毒的预防，而且要不断的、坚持不懈的在一定时效范围内，去做病毒和真菌的检测，提前预防和干预。移植以后，如果是病人出了院，回了家，个人卫生和环境卫生也是至关重要的方面。
造血干细胞移植以后复发是移植以后失败的主要原因之一。因此我们在移植前和移植后都要做好各项措施，尽可能的减少患者的复发。首先在移植前，我们要进行充分的化疗，使得机体的肿瘤细胞能够充分的杀死残留的细胞达到最小的程度，这样在移植的时候，复发的几率会减小。第二个在移植的时候，预处理方案要选择的适合，针对性要强，这样也是把残留的肿瘤细胞能够尽量的杀死。第三个就是在移植以后，一方面我们要密切监测，患者的微小残留病，及时发现微小残留病的增高及时治疗，从而预防疾病的复发，另一方面如果是一些，特殊类型的恶性血液病，比如说PH阳性的急性淋巴细胞白血病，在移植以后也可以继续靶向药物的治疗，从而减低患者的复发，此外在异基因造血，干细胞移植以后还可以做供者的淋巴细胞输注来减低复发率，这些就是预防复发的主要措施。
造血功能的重新建立一般在干细胞回输后2～4周不等。一般植入最早的表现是外周血白细胞升高，达到一定水平通常以中性粒细胞＞0.5×109/L为判定白细胞植活的标准。由于造血干细胞来源不同，植入的时间也稍有不同。一般粒细胞集落刺激因子动员外周血造血干细胞移植造血恢复较快，植入时间在移植后2周，骨髓移植患者在移植后2～4周之间，脐带血移植后植人慢一些，约在移植后3～4周，也可能更晚些。
造血干细胞移植后定期眼科眼底检查的原因：一、移植后造血未重建的患者血小板计数很低，容易出现眼底出血；二、移植中期约30-100天，易出现巨细胞病毒感染，进而引起结膜炎；三、在移植后期约100天之后，部分移植患者会出现慢性移植物抗宿主病。
造血干细胞移植后的感染特点：造血干细胞患者在移植不同阶段可能感染的病原菌不同。在移植后的早期大部分为细菌感染，给予抗细菌治疗；在中期（约移植后30-100天）以巨细胞病毒感染为主；在后期（移植约100天后）易出现卡氏肺囊虫感染或真菌的曲霉菌的感染。
