多数肠结核患者有结核中毒症状；而克罗恩病患者多有口腔溃疡、肛周病变、关节痛等肠外表现。内镜下肠结核的特点是环形的溃疡，溃疡周围黏膜呈鼠咬状；而克罗恩病的特征表现为纵型溃疡、黏膜铺路石样的改变。肠结核比克罗恩病的回盲瓣更容易受累，大肠结核受累的回盲瓣变形，开口多固定；而克罗恩病受累的回盲瓣常变形，开口多闭塞。超声内镜下肠结核的黏膜下层因为瘢痕形成而变薄，而克罗恩病的黏膜下层则是明显的增厚。鉴别的关键是组织病理学，肠结核的典型病理特征是干酪样的肉芽肿或者能够找到抗酸杆菌；而克罗恩病的典型的病理特征是非干酪性的肉芽肿、裂隙性的溃疡、全闭严，但是内镜活检组织、病理学检查的阳性率非常低，因此两者鉴别比较困难。另外，PPD阳性，还有T-SPOT的阳性以及胸片可见结核病灶对支持肠结核都有一定的诊断意义。
多数肠结核患者有结核中毒症状；而克罗恩病患者多有口腔溃疡、肛周病变、关节痛等肠外表现。内镜下肠结核的特点是环形的溃疡，溃疡周围黏膜呈鼠咬状；而克罗恩病的特征表现为纵型溃疡、黏膜铺路石样的改变。肠结核比克罗恩病的回盲瓣更容易受累，大肠结核受累的回盲瓣变形，开口多固定；而克罗恩病受累的回盲瓣常变形，开口多闭塞。超声内镜下肠结核的黏膜下层因为瘢痕形成而变薄，而克罗恩病的黏膜下层则是明显的增厚。鉴别的关键是组织病理学，肠结核的典型病理特征是干酪样的肉芽肿或者能够找到抗酸杆菌；而克罗恩病的典型的病理特征是非干酪性的肉芽肿、裂隙性的溃疡、全闭严，但是内镜活检组织、病理学检查的阳性率非常低，因此两者鉴别比较困难。另外，PPD阳性，还有T-SPOT的阳性以及胸片可见结核病灶对支持肠结核都有一定的诊断意义。
克罗恩病和肠结核首先是需要做鉴别的，因为肠结核的一些临床表现跟克罗恩疾病是比较相似的：第一、从症状上来鉴别，肠结核有结核病感染病史。第二、克罗恩病和肠结核重要的一个鉴别手段是肠镜，因为在肠镜下克罗恩病和肠结核的表现是有一定的差异的，比如克罗恩病可以出现腺性的溃疡，而肠结核的溃疡往往是横行的等。
克罗恩病和肠结核都是临床上常见的肠道的慢性炎症性疾病，这两个病也是很难鉴别。鉴别主要包括他的病史，再结合临床的辅助检查。病史一般对克罗恩病来说，它俩的共同特点，就是都会出现慢性的腹痛，然后伴随排便的改变，可以表现为腹泻、便血，可以出现一个伴有发热、贫血、消瘦、低蛋白这些，所以他们临床症状表现来说，没有特异性，从辅助检查来说，它们的特点就是血沉和C反应蛋白的一个增高，这个也缺乏特异性。这两个病的特点，就是都好发于右半的结肠，尤其末端的回肠，但是不同的特点就是克罗恩病，一般在肠镜下，表现为一个纵行的溃疡，或者一个裂隙状的溃疡，而且周围成铺路石样的改变；而肠结核大部分表现，横行的溃疡或者不规则的溃疡。另外就是最典型的改变，它们俩的病理表现克罗恩病表现非干酪性的肉芽肿，而肠结核病理改变表现为干酪性的肉芽肿。
克罗恩病的鉴别与结核鉴别主要根据他的病史、临床特征、病理学检查上面来进行鉴别，一般肠结合它有肠外结合的表现，病程相对比较长，粪便里可能会找到结核杆菌，X线上会提示有呈连续性的病变，主要是一直积累的症，可以表现为一定的肠瘘和肠梗阻，病理学检查主要是能够找到坏死的肉芽肿，但是克罗恩病他一般没有肠外结合的表现，它病程比肠结合可能更长，粪便里面找不到结合杆菌X线上提示回肠和临近的结肠阶段性的这些病变，它必胜肠瘘和肠梗阻的这些临床症状可能更多见，结合治疗是无效的，它病理学上可以找到非干酪样坏死的肉芽肿。
克罗恩病与肠结核相鉴别的方法如下： 如果是克罗恩病，我们要给克罗恩病的治疗，一定会上到比较重的免疫抑制剂，比如激素生物制剂，那么这些药物，在使用了以后，机体免疫力会下降，如果这个病人你误诊了，他本身就是个结核，用上药以后，结核就会加重复发。 所以针对诊断不是那么清楚的患者，如果结核方面有一定的权重，我们就可以先诊断性的抗结核治疗，一到三个月左右复查肠镜。 如果是结核，那么患者的溃疡就会形成瘢痕的情况，这样我们就比较清晰这个病人是一个肠结核。
克罗恩疾病主要的病变部位是在回盲部，但是可以侵犯到整个消化道的任何一个部位，包括口腔、食道、小肠、大肠、肛门和直肠。克罗恩疾病侵犯到肛门和直肠的时候，出现局部的充血、水肿、溃疡等炎症性表现。其次还可以由于病情的加重导致肛瘘的出现。第一、检查通过试诊看看肛门周围有没有溃疡。第二、通过指诊来判断肠壁有没有增生、水肿。第三、通过肛门镜、造影镜来判断。
