不是任何疾病都需要做MRI检查，因为任何检查都有它的优缺点，对于有些病变磁共振有优势，这个时候就需要选择磁共振检查，对某些病变的显示就不是很好，比如，对一些肺部的炎性病变磁共振检查就可能造成漏诊现象，同时磁共振检查检查时间比较长，对有些病人不能配合的病人，还有一些婴幼儿就不能耐受磁共振，这个时候就不能做磁共振检查，还有一些特殊的病人，比如安有心脏起搏器的病人也不能做检查，如果做了会造成心脏起搏器移位对病人造成严重的后果，还有幽闭恐惧症患者也是不能做磁共振检查的。
不是任何疾病都需要做MRI检查，因为任何检查都有它的优缺点，对于有些病变磁共振有优势，这个时候就需要选择磁共振检查，对某些病变的显示就不是很好，比如，对一些肺部的炎性病变磁共振检查就可能造成漏诊现象，同时磁共振检查检查时间比较长，对有些病人不能配合的病人，还有一些婴幼儿就不能耐受磁共振，这个时候就不能做磁共振检查，还有一些特殊的病人，比如安有心脏起搏器的病人也不能做检查，如果做了会造成心脏起搏器移位对病人造成严重的后果，还有幽闭恐惧症患者也是不能做磁共振检查的。
（1）MRI设备和检查费用较昂贵，限制了它的普及和应用。（2）MRI设备扫描时间较长，是其主要缺点，进行部位的检查，通常要半个小时以上，有时甚至需要1~2个小时，让病人难以耐受，且检查时机器运转噪音大，部分病人难以忍受。（3）MRI机房内不能使用监护和抢救设备，加之MRI对病人体位运动敏感，容易产生伪影，不适于对急诊和危重病人进行检查。（4）妊娠3个月之内的、体内有金属植入物或金属异物者慎用，安装有心脏起搏器的病人，禁忌做MRI检查。（5）钙化灶内不含质子，不产生MRI信号，所以对钙化不敏感，小钙化灶由于容积效应不能显示，大的钙化灶表现为无信号区也缺乏特异性。部分疾病中，钙化在发现病变和定性诊断上有很大的帮助，所以对钙化的不敏感也是MRI的缺点。（6）因检查时间较长，病人需要平静呼吸，胸阔不断运动，所以MRI对肺部病变的检查的显示不优于CT；早期脑出血等病变也显示差于CT。
核磁共振设备和检查费用比较高、是目前影像学检查中费用较高的，仅次于PET检查，核磁共振的检查持续时间比较长，扫描速度远远不如CT，核磁共振扫描室内有明显的噪声，需要病人密切的配合，保持平静，核磁共振对钙化反应不是那么敏感，由于钙化灶内不含脂质，因此不会产生核磁共振信号，这样不利于诊断和鉴别有钙化类的疾病。
国家之前的计划生育政策的实施，有很多妇女曾经植入过宫内节育器，需行CT检查、B超检查，但效果不好。因为MRI的独到的软组织高分辨率、多参数、多方位、多序列的成像方式能让子宫、附件的显示更为清晰，同时不用饮水作膀胱充盈的准备，不仅能减轻患者的准备负担，而且MRI检查能更好的将盆腔内的病灶显示更为全面，因为宫内节育器一般由铜这金属材料制成，具有一定的磁性，不赞成在3.0以上强磁场的MRI设备上行MRI检查，否则易造成节育器位置的改变在3.0 T（含）以下MRI检查中目前尚未发现宫内节育器引起明显不良反应，或位置的改变，因此能做MRI检查，但可能产生伪影，如果你是宫内安置过节育器，同时需要做盆腔区域的磁共振检查，需要及时告知磁共振的检查人员，以便安排到弱磁场的MRI设备上进行检查，以免引起不必要的损害。
现代医学当中骨科植入物已经非常普遍，近年来骨科的植入物大多呈非铁磁性或少量弱磁性（钛合金），由于在术中已被牢固地固定在骨骼、韧带或肌腱上，通常不会移动，发热量也较低，可以做MRI检查。但植入物可能会引入图像伪影，造成图像不真实，影响周围组织的观察。对于远离植入物的器官的图像则几乎没有影像。输液泵通常植入于胸部皮下，由穿刺座和静脉导管系统组成，材料主要有合金、硅橡胶和塑料等，呈非铁磁性和弱磁性，因此进行MRI检查是安全的。必须强调带有胰岛素泵的患者在进入MRI检查室时应移除胰岛素泵，因为强磁场可能会破坏胰岛素泵功能。尽管许多牙科植入物含有金属和合金，有些甚至呈现铁磁性，但是种植牙已牢固地固定在牙槽骨上或黏合在相应的连接物上，具有很高的强度，通常在3.0 T（含）以下场强的MRI设备中不会发生移动和变形，能做MR检查，但在牙科植入物所在的部位可能会出现一些伪影。
动脉瘤夹由不同磁敏感性的多种物质构成，形状各异，强铁磁性材料的动脉瘤夹禁止用于MRI检查；非铁磁性或弱铁磁性材料的动脉瘤夹可用于1.5 T（含）以下的MRI检查，近年来大部分的动脉瘤夹或者动脉瘤栓塞的弹簧圈都是低铁磁性的，但是由于它的金属属性，大多都会对相邻的组织的MR图像产生伪影，影响图像的观察。因此做MRI检查前，详细了解动脉瘤夹的属性至关重要，对于有动脉瘤夹但属性不明的患者，建议不做MRI检查，避免出现危险。
