形成巧克力囊肿的原因尚未完全阐明，主要有以下三种学说：
第一、种植学说，是由于子宫内膜的腺上皮和间质细胞随着经血逆流，通过输卵管在卵巢表面种植而形成的巧克力囊肿。
第二、体腔上皮化生血说，认为卵巢表面的上皮和腹盆腔内的腹膜均由胚胎具有高度化身潜能的体腔上皮分化而来，在受到卵巢激素或经血及慢性炎症的反复刺激后，能够激活转化为子宫内膜样组织。
第三、诱导学说，是指未分化的腹膜组织在内源性生物化学因素的诱导下，发展为子宫内膜组织。巧克力囊肿的形成还与遗传因素，免疫及炎症因素等也有一定的关系。
形成巧克力囊肿的原因尚未完全阐明，主要有以下三种学说： 第一、种植学说，是由于子宫内膜的腺上皮和间质细胞随着经血逆流，通过输卵管在卵巢表面种植而形成的巧克力囊肿。 第二、体腔上皮化生血说，认为卵巢表面的上皮和腹盆腔内的腹膜均由胚胎具有高度化身潜能的体腔上皮分化而来，在受到卵巢激素或经血及慢性炎症的反复刺激后，能够激活转化为子宫内膜样组织。 第三、诱导学说，是指未分化的腹膜组织在内源性生物化学因素的诱导下，发展为子宫内膜组织。巧克力囊肿的形成还与遗传因素，免疫及炎症因素等也有一定的关系。
卵巢的巧克力囊肿，这是子宫内膜异位症的一种表现，具体发病原因并不是很清楚。 可能与子宫内膜种植有很大的关系，也就是由于多胎、多产、经血的倒流，这些原因都可能会造成子宫内膜异位症。如果子宫内膜异位到卵巢，就会出现反复性的出血，就会造成巧克力囊肿。 出现巧克力囊肿，是需要做手术治疗的。因为这种囊肿有可能会造成破裂，就会引起严重的腹痛和广泛的盆腔粘连，也可能会引起囊肿的扭转，也有可能会出现囊肿的恶变。
巧克力囊肿，也称为卵巢子宫内膜异位囊肿，是指卵巢上出现了子宫内膜组织。 这种子宫内膜组织出现的原因目前尚不完全清楚，有可能是由于宫内的子宫内膜由输卵管逆流至卵巢表面种植，也有可能是由于卵巢表面的上皮组织受到了卵巢激素或者经血慢性炎症的反复刺激后，激活了，且化生，转变为子宫内膜样组织。 这种子宫内膜囊肿有可能随月经周期逐渐增大，然后出现破裂的情况，囊液流入腹腔也有可能引起腹痛以及盆腔内的炎性粘连，对女性以后的生育能力也会造成一定的影响。
巧克力囊肿大多数情况下没有明显的症状，只是妇科检查或者是B超检查时被发现。 较大的巧克力囊肿可以出现频繁的破裂，囊液流入盆腔，在盆腔受炎症刺激后形成粘连，包括卵巢组织会导致卵巢的激素分泌、卵子的排出出现异常，进而影响女性的月经以及女性的受孕。 当发现卵巢的巧克力囊肿时，需要及时的进行手术治疗，切除病灶以后，复发率仍然较高，还需要通过药物治疗的方式预防复发。如果有受孕的需求可在进行手术和药物治疗以后，尽快的安排受孕。
巧克力囊肿的病因目前尚不十分清楚，有几种因素可供参考。 常见的原因是考虑经血逆流，是由于月经期子宫内膜的组织经过宫腔、输卵管，在卵巢表面种植，而形成的巧克力囊肿。也可能是由于卵巢表面的细胞，通过外在的刺激，而分化成为了子宫内膜样组织，继而形成了巧克力囊肿。 巧克力囊肿出现以后，大多没有明显的症状，如果逐渐增大，有可能导致囊肿破裂，形成了盆腔内的炎性反应以及组织纤维化，导致卵巢与临近器官组织紧密粘连，形成囊肿固定、不活动，影响卵巢的激素分泌以及卵子的排出。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现形式，囊壁反复破裂，破裂后的囊内容物刺激腹膜，导致卵巢邻近组织泛发性粘连，影响输卵管的功能，导致不育，如果为单侧卵巢巧克力囊肿，建议尽快做腹腔镜剥除囊肿，恢复卵巢功能， 恢复排卵；如果双侧卵巢巧克力囊肿，比较严重，不建议做腹腔镜手术，尽快促排取卵，试管辅助生殖。
