细菌治疗主要是要靠实验室进行培养，但是培养的结果有的时候可能是不太可靠，因为肠道的细菌相当多，我们只能针对性地对比较特殊的细菌是细菌学的培养，如痢疾杆菌、霍乱弧菌。还可以根据病人的表现相对用药。肠道杆菌革兰氏阴性菌感染的，可用抗阴性杆菌的抗生素要多一点。
细菌性食物中毒的治疗方法主要还是对症，根据临床表现主要有以下几个：第一是支持治疗加对症治疗，如恶心、呕吐，针对地用一些止吐药，然后根据腹泻脱水，电解质的紊乱等情况给予补充大量的水分和电解质，维持这酸碱平衡和水电平衡，第二急性腹泻一般是不用止泻的药物，会针对性的支持性的对症治疗。
引起细菌性食物中毒的原因主要有第一类型细菌已经在食物里边繁殖，生成了大量的细菌和毒素。第二种类型就是细菌本身的量可能比较少，但是它产生的外毒素比较多，如金黄色葡萄球菌，肉毒毒素。第三种类型是当时可能是污染得不算太厉害，但是在摄入以后，正好又处在潜伏期上让。
到医院来讲做食物中毒的检测基本都是从各种细菌，如从体内或者是从排泄物分泌物里边培养出致病菌，这是一种检查。另外一个是一些比较常规的检查，包括血常规、电解质、肾功能、动脉血气、看一下酸碱平衡电解质紊乱的这些，至于真正地要查个细菌里边的毒素，医院里边目前做的这方面还是很少的。
细菌性食物中毒不同的分类标准，有不同的分类形式，根据病原学分类为金黄色葡萄球菌食物中毒、肉毒杆菌毒素的食物中毒、沙门氏菌的食物中毒。是根据临床上的表现形式来分以胃肠炎表现形式，诊断为肠炎，以神经系统表现形式，也说是神经系统受累型的病变。
