胃肠炎会导致头疼头晕的原因是由于炎症引起的身体免疫反应和代谢紊乱所致，具体如下：
1、身体免疫反应：胃肠炎是一种消化系统疾病，其主要症状是腹泻、恶心、呕吐等。当身体感受到细菌、病毒或其他病原体侵入消化系统时，身体的免疫系统会产生炎症反应，这种反应会释放出一系列的炎症介质，如白细胞、细胞因子等。这些介质会进入血液循环系统，通过作用于大脑的神经元和血管，引起头疼和头晕等症状。
2、代谢紊乱：胃肠炎的症状还包括腹痛、腹胀、食欲不振等，这些症状可能会导致身体代谢出现紊乱。身体代谢紊乱的结果可能包括低血糖、低血压等，这些都可能导致头疼头晕的症状。
此外，胃肠炎也可能导致身体缺水，缺水会导致血液黏稠度增加，从而影响了血液流动，也会引起头疼头晕的症状。
对于胃肠炎患者出现头疼头晕症状，需要针对性用药治疗，比如对于头痛严重者，可以遵医嘱使用布洛芬等止痛药物治疗。