月经干净11天小腹疼，可能是附件炎、子宫内膜异位症、阑尾炎所致，建议明确病因，针对性治疗：
1、附件炎：是指子宫附件（即输卵管和卵巢）由于病原体感染而发生的炎性疾病，是一种临床常见的妇科疾病。患者可表现为下腹痛、阴道分泌物增多。可以遵医嘱服用氧氟沙星片、盐酸米诺环素片等药物治疗。
2、子宫内膜异位症：是指有活性的内膜细胞种植在子宫内膜以外的位置而形成的一种女性常见妇科疾病，常伴有月经紊乱、痛经等症状。可在医生指导下通过假孕疗法、假绝经疗法等方式治疗。
3、阑尾炎：是指由于各种原因导致阑尾管腔堵塞，或继发细菌感染而引发的炎症。患者常伴有右下腹痛、发热等症状。可以遵医嘱通过阑尾切除术、腹腔镜阑尾切除术等手术治疗。
除以上常见原因外，也可能是由于盆腔炎、宫颈炎、宫颈癌等导致，建议出现症状，尽早就医，明确病因，针对性治疗。