四联疗法治疗幽门螺杆菌大便发黑通常是由于饮食原因、药物因素、胃溃疡、肠息肉、贲门癌等引起的，需要停止用药或者是采取手术治疗来改善。
1、饮食原因：如果患者近期食用了一些含铁丰富的食物，比如动物肝脏、动物血等，由于这些食物中的铁没有完全被消化吸收，会出现大便发黑，通常不需要做特殊的治疗。
2、药物因素：四联药物中有含一种铋剂，因此在服用铋剂后会导致大便颜色发黑属于正常的生理现象，通常在停止服用药后症状得到缓解。
3、胃溃疡：在进行四联疗法后由于药物的刺激，有可能会导致胃溃疡发生溃烂以及出血，会出现大便发黑。可以遵医嘱采用胃镜手术的方法止血治疗。
4、肠息肉：是肠壁黏膜的局部增生，有时候也会引起大便发黑的症状。如果息肉较小且没有症状，医生可能会建议定期监测，但较大或异常的息肉可能需要通过内窥镜手术切除，以防止进一步出血和其他并发症的发生。
5、贲门癌：是一种恶性肿瘤，可能会引起胃肠道出血，导致大便发黑。如果怀疑贲门癌，医生可能会建议进行胃镜检查以明确诊断，并制定相应的治疗计划，可能包括手术切除、化疗、放疗等综合治疗方法。