吡柔比星和表柔比星一般吡柔比星副作用大。
吡柔比星使用以后可能会导致心脏毒性，表现为心动过速、心律失常、心电图异常、心力衰竭，也可能会引起骨髓抑制，表现为白细胞下降，但一般比较轻微。也可能会导致腹泻、呕吐、恶心、畏食等胃肠道不适反应，或者出现肝功能损害。另外，也可能会导致肾功能损害，出现膀胱灌注，引起尿频、尿痛、尿血等症状，同时可能会伴随乏力、发热等不适，部分患者还会出现贫血、出血等症状。
表柔比星使用以后也可能会出现心脏毒性，以及导致部分患者出现脱发，或者男性胡须生长受到抑制、黏膜炎等现象，也可能会引起胃肠功能紊乱，表现为呕吐、腹泻、恶心等。另外，也可能会导致极少数患者出现关节疼痛、色素沉着、寒战、发热等现象。
由此可见，吡柔比星比表柔比星的副作用较多，并且症状较严重，所以其副作用会比较大。