早上起来上厕所肚子疼可能是腹部受凉、痛经、胃肠功能紊乱等原因引起。
1、腹部受凉：晚上气温比较低，睡觉中腹部受凉、吃生冷刺激性食物可能会引起肚子疼，应该加强腹部保暖，采取热敷和按摩等方式来进行缓解。
2、痛经：月经前期或月经期也可能会引起肚子疼，通常是宫寒引起，在子宫内膜脱落时会引起腹部疼痛，可以适当的喝一些红糖姜茶，能够缓解痛经。
3、胃肠功能紊乱：吃不干净食物、吃油腻性食物容易增加肠胃负担，引起胃肠功能紊乱，可以在医生指导下口服多潘立酮片、双歧杆菌活性三联片等药物。
除上述原因外也可能是急性胃肠炎、胃溃疡、肠扭转等疾病引起，因此建议尽早到专业医院就医，明确诊断。