耳朵根后面窝那里疼可能是智齿冠周炎、带状疱疹的早期、外耳道炎等原因引起的，建议对因治疗。
1、智齿冠周炎：对于智齿冠周炎患者，如果久拖不治，病情严重时可能会导致耳朵周围疼。建议在医生的指导下使用甲硝唑、罗红霉素等药物治疗，待炎症控制以后再拔除智齿。
2、带状疱疹的早期：如果受到疱疹病毒感染，在早期时可能会侵犯到耳大神经，导致其发炎，也会导致疼痛现象。通常可以遵医嘱使用阿昔洛韦、盐酸伐昔洛韦等药物治疗。
3、外耳道炎：病菌会导致外耳道黏膜出现水肿、充血等，当病情进一步发展时，就可能会导致耳道有疖肿，而引起疼痛。建议遵医嘱使用氧氟沙星、环丙沙星等药物治疗。
除上述原因外，还可能与淋巴结炎、毛囊炎、中耳炎等疾病有关。患者需要入院完善检查后，再进行治疗。