月经不调褐色分泌物可能是子宫内膜炎、盆腔炎、子宫内膜息肉等原因导致，一般需要根据病因对症采取药物治疗或手术治疗等治疗措施。
1、子宫内膜炎：子宫邻近器官存在细菌感染，或日常不注意阴道卫生，可能会导致大肠杆菌、葡萄球菌等病原体上行感染子宫，发生子宫内膜炎，引起腹痛、异常分泌物等不适。症状比较轻时，可以在医生的指导下使用庆大霉素、多西环素等抗生素抑制细菌，缓解炎症。如果症状持续时间比较长且比较严重，通常需要采取手术清理宫腔、引流脓液，使病情得到改善。
2、盆腔炎：如果患者平时不注意经期卫生，感染衣原体、淋病奈瑟球菌等细菌，导致盆腔炎也会引起褐色分泌物。这种情况下可以在医生指导下使用甲硝唑、头孢曲松等广谱抗生素杀灭病原体，以使病情得到缓解。
3、子宫内膜息肉：内分泌紊乱、病原体感染等因素，可能会导致子宫内膜发生异常增生，出现子宫内膜息肉，引起白带异常、月经不调、腹痛等不适。建议采取手术治疗，手术方式有宫腔镜息肉摘除术、子宫切除术等，进行改善。
此外，部分患者还有可能是由于子宫肿瘤、子宫内膜癌、卵巢肿瘤等原因所致。