睡觉起来肾两侧酸疼可能是腰肌劳损、腰椎间盘突出症、肾炎等原因造成的，要通过合适的方式进行改善。
1、腰肌劳损：在白天的时候，如果做了一些剧烈运动或者是重体力活动，可能会导致腰部的软组织和黏膜组织受损，出现乳酸堆积的现象，引起睡觉起来肾两侧疼痛。可以通过局部按摩的方式进行缓解。
2、腰椎间盘突出疾病：腰椎间盘突出疾病通常会导致腰椎骨骼的形状改变，严重时也会对周围的血管和神经造成压迫，从而会伴随血液循环障碍引起睡觉起来肾两侧酸疼。可以遵医嘱合理使用消炎镇痛药物做治疗，比如布洛芬缓释胶囊、双氯芬酸钠缓释片、双氯芬酸钠肠溶片等。
3、肾炎：肾炎属于肾内科当中常见疾病，在患病之后会导致肾脏的粘黏膜充血，从而会引起肾脏黏膜刺激反应，表现出睡觉起来肾两侧酸疼。可以通过保肾药物进行治疗，比如肾炎片、肾炎安胶囊、肾炎灵胶囊等。