肩关节手术三个月后还痛可能是手术没有完全恢复，也可能是再次出现损伤、炎症感染等问题所引起，最好到正规医院做相关的检查。
1、手术没有完全恢复：在做完肩关节手术之后，如果三个月左右的时间还会有疼痛感，有可能是病情比较严重，没有完全恢复的原因所引起，可以到正规的医院拍摄X光片，了解病情的恢复情况，要注意休息，可以遵医嘱服用补钙的药物，如乳酸钙口服溶液、碳酸钙胶囊、葡萄糖酸钙颗粒等。
2、再次出现损伤：肩关节手术之后如果没有做好个人护理工作，有可能会导致局部组织出现二次创伤，导致疼痛感比较严重，要及时到医院做相关的复查，如果出现再次损伤，可能需要通过手术的方式治疗。
3、炎症感染：肩关节手术之后，局部组织会出现明显的创伤，如果伤口部位没有做好护理工作，受到炎症感染之后，引起组织发热红肿，甚至还会出现脓性分泌物，有比较明显的疼痛感，需要在医生指导下给予抗感染药物治疗，如阿莫西林胶囊、左氧氟沙星片、头孢拉定颗粒等。