流行性脑脊髓膜炎是化脓性脑膜炎的一种，在临床上没有必要进行相应的鉴别。临床上对于流行性脑脊髓膜炎，最应该的是和流行性乙型脑炎进行鉴别，两者区别如下：
1、恢复时间不同：流行性脑脊髓膜炎病程多为7-10天，恢复期常在口鼻周围起泡疹。而流行性乙型脑炎病程多为14天才进入恢复期。
2、脑脊化验结果不同：流行性脑脊髓膜炎在脑脊液涂片和培养时可发现脑膜炎双球菌，脑脊液混浊如米汤，白细胞数和蛋白质明显增多，而糖和氯化物减少。流行性乙型脑炎患者脑脊液呈澄清或微混，白细胞数和蛋白质可能只是轻度增高，而且糖和氯化物也会正常一些。