治疗幽门螺杆菌的药大便黑可能是药物如枸橼酸铋钾经胃肠道生成硫化铋至大便颜色发黑，或者是因为病理性原因，要到医院完善进一步的检查，明确具体的原因。
1.药物反应：幽门螺杆菌在感染治疗期间，一般需要通过四联用药，比如口服枸橼酸铋钾颗粒，枸橼酸铋钾颗粒在服用期间对于胃部黏膜能够起到保护的作用，药物当中的主要成分是三钾二枸橼酸铋，三钾二枸橼酸铋在肠胃道吸收以后无法完全的吸收，会通过大便的方式排出体外，因为药物当中的成分是黑色性物质，可能会导致大便混合性变黑。
2、病理性原因：幽门螺杆菌在治疗期间如果胃肠道病变严重的情况下，通常会导致胃肠道黏膜破损性出血，容易和大便混合，容易引起大便带血，从而会引起大便颜色发黑，和服用药物并没有直接的关系。
幽门螺杆菌在用药期间，需要观察病情是否有好转，如果长时间没有好转的情况下，则需要及时配合医生更换治疗方法。大便持续发黑，则需要到医院配合医生做大便常规检查，根据检查结果可以诊断出具体的原因。