怀孕40天做人流对身体伤害不是特别大，相对是比较小的，因为胎儿也很小。
怀孕40天做人流，孕囊是非常小的，想要做人流，需要提前做B超检查，根据孕囊的大小和身体的情况，选择合适的人流时间跟人流方式，因为是怀孕早期，做人流手术对于身体伤害并不是特别大，但也是有伤害的。人流前需要进行B超检查，以确定是宫内妊娠，因为怀孕时间在49天之内可以选择合适的时间做药物流产，需要听从医生指导规律的用药，比如说米非司酮、米索前列醇等药物，在用药之后能够促进胚胎的流出，对身体也是有轻微损伤的，会出现免疫力下降，也会影响子宫内膜以及内分泌。如果不按照医生的指导用药，很有可能会出现非正常子宫内膜脱落，影响到子宫内膜，甚至出现药物流产之后蜕膜不完全排净，有继发性感染，还需要再次刮宫，损伤子宫内膜加重。
人流之后需要加强饮食营养，多吃有营养容易消化的温热食物，还需要注意保暖，避免着凉，居住环境的温度和湿度需要适宜，一个月之内禁止同房，根据个人的身体情况适当走动。