孕39周晚上一躺下就肚子疼可能是迷走神经兴奋引起的，也可能是胃肠道反应引起的，也可能是宫缩引起的。
孕39周如果晚上肚子疼但是白天没有明显症状，与晚上迷走神经兴奋有关，不需要特殊处理，密切观察即可。如果合并有恶心、呕吐、腹泻、便秘等，考虑是胃肠道反应引起的腹痛，建议少食多餐，饭后适当活动，禁辛辣、油炸、生冷食物，以免引起腹痛加重或是引起腹泻。
另外39周已经进入预产期，孕妇可能会频繁出现假性宫缩，这也会导致肚子疼，应该注意检查胎儿的胎心和胎动的变化，还需要注意检查羊水量的多少，还要观察羊水是否浑浊。若出现变化，应该及时采取对症治疗的方式，避免影响到胎儿的健康和孕妇身体的健康，还需要注意观察是否有见红和破水的现象。一般情况下，形成规律性宫缩之前会出现见红的症状，见红之后的24-48个小时之间会产生规律性的宫缩，才进入第一产程。