天生扁头的原因可能是先天性发育不良或者是引产方式、疾病等原因所造成，需要及时采取一些针对性的改善措施，才能避免扁头症状加重。
1、先天性发育不良：先天性发育不良主要指的是胚胎在发育期间没有完全的发育完善所造成的，可能是在胚胎发育时期长时间接触电离辐射或者是不良的药物刺激所引起，也不排除是大气污染因素所致，会造成胚胎发育畸形，也可能会造成扁头的症状，而且还可能会诱发畸形症状。同时也有可能是小脑先天性发育萎缩，所造成的扁头症状。
2、引产方式：对于胎儿头比较大的人群，或者是产道畸形，在顺产时会导致头部被挤压造成扁头。在顺产分娩过程中，都会对头部骨骼造成一定的损伤，如果发生了胎儿头比较大的情况下，在分娩的过程中是比较艰难的，也会对胎儿的头骨骼造成严重的创伤，出生之后就会发生有头部畸形的情况。
3、疾病：天生扁头也可能是体内严重的缺乏钙和维生素D所造成，会导致骨骼发育不良，也可能会引起头部骨骼畸形，也可能会造成四肢畸形。