孩子一到夜里三点多开始咳嗽可能是变异性咳嗽、小儿肺炎引起的，建议到医院做血常规、胸片等相关检查，根据检查结果明确病因，配合医生对症治疗。
1.变异性咳嗽：变异性咳嗽接触过敏源症状会加重，临床表现为孩子一到夜里三点多开始咳嗽，严重时还会影响睡眠。轻度的可以通过吸入糖皮质激素进行抗炎治疗，比如布地奈德混悬液等，如果变异性咳嗽比较严重，需要进行脱敏治疗，常用药物有地氯雷他定、左旋西替利嗪等。
2.小儿肺炎：小儿肺炎可能是细菌、病毒感染引起的肺部炎症，可能会出现孩子一到夜里三点多开始咳嗽的症状，需要做血常规、胸部CT检查进行确诊。如果病情比较轻，属于细菌性肺炎，需要服用阿莫西林、头孢菌素等药物进行抗炎治疗，如果是流感病毒性肺炎，需要给予抗流感病毒治疗，常用药有奥司他韦、扎那米韦等，如果小儿肺炎比较严重，需要到医院进行静脉注射。
孩子一到夜里三点多开始咳嗽说明身体出现了不适，要尽早治疗，避免延误病情。在日常生活中要多饮水，吃清淡易消化的食物，不吃辛辣、油腻的食物。