39天做阴超看不到孕囊是指怀孕39天做阴超看不到孕囊，这种情况是不正常的。正常情况下，在停经5-6周时经超声检查时会发现宫腔内的妊娠囊，即会看见孕囊，孕囊直径大约能达到1cm以上。
怀孕39天阴道检查看不到孕囊，可能有以下几种情况：
第一、患者月经周期不规律或者经期延长，也可能月经周期规律，每个周期排卵时间也不规律，按照末次月经所推算受孕时间已经达到39天，但是实际受孕时间并未达到39天。这时候阴超宫内看不到妊娠囊，可以推迟一周以后再进行检查，也可以及时行人绒毛膜促性腺激素测定，如果激素翻倍情况符合怀孕标准，可等待妊娠囊出现；
第二、宫外孕，最常见宫外孕是输卵管妊娠，宫内看不到妊娠囊，要在盆腔内做细致而广泛扫查，寻找疑似宫外孕包块。如果宫内暂时没有看到妊娠囊，宫外经过扫查也没有看到可疑包块，这时可以根据患者临床表现以及HCG情况，及时复查，密切观察；
第三、胚胎发育不良导致生化妊娠，或者不能排除早期流产可能。
以上疾病诊断还需要及时行人绒毛膜促性腺激素测定，观察翻倍情况，根据翻倍情况、临床表现进一步明确诊断。