激光治疗仪对身体是有伤害的。对眼睛和视觉的伤害激光能烧伤生物组织，尤其对视网膜的灼伤最多见。因为激光束能通过眼自身的屈光系统在视网膜上聚焦成一个非常小的光斑，使光能高度集中而导致灼伤。处在红外区或微波区的激光辐射可被虹膜或晶体吸收造成热损伤，导致虹膜炎和白内障。激光对眼睛的伤害语气波长、脉冲宽度、间隙时间、光束的能量、入射角度、受照组织特性等因素有关。眼镜受激光照射后，可突然有眩光感，出现视力模糊或眼前出现固定黑影，甚至视力丧失。
激光辐射对视网膜的损害是无痛的，易被人们忽视。长期经常接触小剂量和漫反射激光的照射，工作人员一般不会发现自己视力的损伤，有时有一般神经衰弱，工作后视力疲劳、眼痛等，无特意症状。激光对眼睛的意外伤害，除个别人发生永久性视力丧失外，多数经治疗后均有不同程度的恢复。
激光对皮肤的伤害过程表现为轻度红斑、灼烧直至组织炭化坏死，此外亦可损伤色素细胞，引起毛细拴塞，有时可见血管破渍和溢血。皮肤损伤通常是可逆和可复的。预防激光危害最主要的方法就是安全教育，严禁裸眼观看激光束，注意操作规程。
确定操作区及危险带并要有醒目的警告牌，无关人员不得随意进入，要佩戴合适的防护眼镜、防护手套、定期检查身体，特别是眼睛。