肠镜麻药对人体的影响并不大，也不会对人体造成较大伤害，因为这种麻醉药物的代谢速度比较快，其短期影响也很小，并且这些影响还可以预防和避免。
临床上做无痛肠镜时使用的麻醉药物一般是丙泊酚，丙泊酚是很常用的一种静脉麻醉药物，该药在正常人体内的代谢速度是比较快的，一般在做肠镜的麻醉药物停止输入后五分钟内病人就可恢复清醒。由于药物的代谢快，可能会对呼吸产生短暂的影响，造成短暂的呼吸抑制，但是这种情况在麻醉医生的监测下是可以去避免和预防的，一般不会对被检查者造成长期的影响。
肠镜检查是通过将肠镜插入肛门，使肠镜进入肠道，对直肠、结肠等部位进行观察，看是否存在相应的病变，这种检查由于会将结肠镜这个异物送入肠道内，所以会对肠道黏膜产生一定的刺激作用，可引起患者产生不适感，而在检查前应用麻醉药则是为了降低在检查过程中对患者的刺激，从而提高患者的依从性。在检查结束之后需要在观察室观察一段时间，看是否出现不适。