鼻窦炎耳朵疼可能是鼻窦炎引起的并发症，也有可能是耳道感染导致的，应该到耳鼻喉科做检查，根据检查结果采取相应的处理措施。
1、鼻窦炎引起的并发症：鼻窦炎是炎症感染引起的，长期得不到改善炎症会扩散到咽鼓管，而咽鼓管与中耳相连，可能就会出现耳朵疼、咽喉痛等并发症，这种情况需要配合医生使用抗生素、通窍类的药物等进行治疗，同时也可以使用局部用的鼻内喷雾剂辅助治疗，通常鼻窦炎治愈以后耳朵疼的症状会逐渐消失。
2、耳道感染：鼻窦炎是一种慢性疾病，会导致患者机体的免疫力下降，如果频繁的掏耳朵或者不注意耳部的清洁，导致细菌入侵，可能会出现耳朵疼、流脓或流水等症状。这时候往往需要应用抗生素滴耳液治疗，病情严重时甚至需要口服抗生素抗感染。
鼻窦炎患者出现耳朵疼的症状以后应该尽早就医，尽早治疗，以免病情加重，出现听力下降、剧烈头痛等不良症状。在日常生活中要注意鼻腔、耳道的清洁，避免挖鼻孔，也不可以掏耳朵，在洗头或洗澡的时候，还要注意避免耳道内进水，以免炎症加重。