消化不良的治疗包括药物治疗以及调整饮食、生活习惯等。
药物治疗：通常需要用到抑制胃酸分泌药、促胃肠动力药、根除幽门螺杆菌药以及黏膜保护剂等。抑制胃酸分泌药一般用于以上腹痛为主要症状的患者，可选择性地用H2受体拮抗剂或质子泵抑制剂。促胃肠动力药一般适用于上腹胀、早饱、嗳气为主要症状患者，可选择性地服用多潘立酮、伊托必利等。根除幽门螺杆菌目前采用四联疗法，即质子泵抑制剂+两个抗生素+铋剂。黏膜保护剂，如氢氧化铝凝胶、铋剂、硫糖铝等。
调整饮食、生活习惯：少吃难以消化、胀气以及刺激性的食物，这类食物会增加胃的负担。平时要规律作息，切记不要熬夜，熬夜会导致肠胃功能出现紊乱，加重消化不良的症状。