耳膜穿孔流脓的处理与患者的具体病情有关。
耳膜穿孔，即鼓膜穿孔，若鼓膜穿孔流脓是由于急性化脓性中耳炎等急性感染所致，通常需要使用头孢类或者喹诺酮类抗生素进行抗感染治疗，同时局部使用双氧水对外耳道脓性分泌物进行清理。若鼻塞症状明显，可以应用鼻减充血剂，使得鼻塞、咽鼓管黏膜充血肿胀的情况好转，从而减轻耳朵的压力。如果患者的听力明显下降，必要的时候也可以考虑行鼓膜修补手术。
如果鼓膜穿孔长期流脓，经药物治疗效果不佳，通常需要做耳内镜及耳朵的CT检查，明确中耳腔内有没有其它的病变，比如是否合并胆脂瘤，若是由于胆脂瘤型中耳炎引起耳道长期慢性流脓，需及时通过手术解决患者中耳腔里面的胆脂瘤问题，以免胆脂瘤继续发展造成更加严重的损伤，手术同时还可依据条件进行同期鼓膜修补手术。
对于外伤性鼓膜穿孔流脓，首选应用抗生素抗感染治疗，若经药物治疗不能愈合，则可考虑行鼓膜修补术，术后需抗炎治疗。
在出现鼓膜穿孔流脓的情况以后，患者需到正规医院找经验丰富的医生进行治疗，以促进疾病早日恢复。