可以在骶管麻醉或腰麻下进行，将探针自外口插入，沿瘘管走向由内口穿出，在内口处缚一橡皮筋或药线引导穿过整个瘘管，一般术后10-14天左右被结扎的组织自行断裂。肛瘘手术时挂线和挂皮筋效果差不多，没有多大的区别，它们都是利用机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的方法，可以应用有腐蚀作用的药线，作用效果更加的明显。如果结扎的组织较多，在3-5天后还应当再次扎紧挂线，通过挂线疗法主要是防止肛门括约肌损伤，导致肛门失禁等严重的并发症。
肛瘘会不会复发
术后的换药对于病情的痊愈也非常重要，若患者术后无法换药，或伤口恢复情况不佳，未定期就诊进行伤口情况评估，都可能会导致肛瘘复发。肛瘘手术后患者还是可能会复发肛瘘。即使肛瘘的手术处理得很好，但也只是完成一半的工作。
肛瘘后遗症
其次肛周的疾病也容易并发术后的感染，最严重的并发症是肛瘘手术以后出现复发，病人会表现为有分泌物、有脓血性的分泌物以及不规则的发热，必要时还需要再次手术治疗。肛瘘的手术也容易导致肛周括约肌的损伤，并且在术后会诱发排便功能的异常，所以在手术当中应该注意仔细操作，分辨肛门外括约肌。常见的后遗症有手术以后出现切口瘢痕组织增生，病人会表现为局部的瘙痒以及疼痛。通常需要在麻醉支持下将瘘管切开、切除，对于高位复杂性肛瘘，还需要进行挂线疗法或者分次的手术。