分子病理是常规病理与免疫组化的深入与扩展，它是在在分子层面，也就是在细胞的DNA或者是RNA水平探查肿瘤细胞的异常状态。常规病理注重细胞形态学的观察，也就是肿瘤细胞是长什么样子的，与正常的细胞有什么不同。这个过程主要是在光学显微镜下完成的，免疫组化是蛋白质水平的检测也就是肿瘤细胞在蛋白质表达方面与正常细胞有什么相同或者不相同的地方，这个主要是在免疫组化实验室通过实验得出的结论。分子病理是在肿瘤细胞的DNA或者是RNA水平探查肿瘤细胞的异常。分子检测有多种方法，从常规病理的形态学观察到免疫组化的蛋白质水平的检测，再到分子病理的检测是人类认识肿瘤的发展过程。即由表及里，由现象到本质的过程。随着人类认识肿瘤水平的提高，分子病理在病理诊断过程中的作用也会越来越大。

胶质瘤的分子病理是指肿瘤的临床病理。一般是在组织结构基础上，对肿瘤细胞一些标志物的检测，在临床常用的标志物的检测包括，MGMT、肿瘤MG、MT是不是甲基化、异柠檬酸脱氢酶、IDH1是否有突变，染色体的1p19q是否有缺失等等。一些分子病理的基因检测这些检测，对临床的诊断、治疗和预后是有重要意义的。比如MG、MT甲基化说明肿瘤对放疗或者化疗效果比较明显。如果异柠檬酸脱氢酶基因突变，1p19q染色体的缺失，双缺失，肿瘤的预后是比较好的。

分子病理是常规病理与免疫组化深入与扩展，是在分子层面探查肿瘤细胞的异常状态，常规病理注重的是细胞形态学的观察，肿瘤细胞长得什么样子，与正常的细胞有什么的不同。免疫组化是蛋白质水平的检测，也就是说肿瘤细胞在蛋白质表达方面与正常的细胞有什么的相同或不同的地方。分子病理是在DNA或者RNA水平探测肿瘤细胞的异常，从常规的病理的形态学观察到免疫组化的蛋白水平的研究，再到分子病理的检测是人类认识肿瘤的一个发展的过程。即由表及里，由现象到本质的一个过程，随着人类认识肿瘤水平的提高，分子病理在病理诊断过程的作用越来越受到重视，分子病理也是病理学科未来发展的方向。

分子病理是在DNA或者是RNA水平的检测与研究对于肿瘤的DNA或者RNA的检测方法有多种，常用的方法以及用途有几下几种：第一，PCR检测方法，这种方法可以检测目前已知的基因突变类型，如肺癌中的EGFR的基因检测。通过检测发现是否存在已知的突变类型，从而为靶向药物的选择，提供依据使肿瘤的治疗更加精准。第二，荧光原位杂交，也就是FISH检测方法。这种方法通常用来检测基因是否存在异位重排或者扩增，如乳腺癌或者胃癌中的HER2基因的检测如果发现有HER2基因扩增，就是应用靶向药物的适应症。此外FISH的检测也可以发现特异性的基因异位或重排，在多种软组织肿瘤中有重要作用，比如滑膜肉瘤中SYT基因的检测。第三，就是基因测序。这种方法也是用来发现基因是否存在突变从而为靶向药物的筛选提供依据。