自闭症的原因之一：一些家长平日里忙于应酬、工作，对孩子漠不关心，或者态度粗暴，受了气发泄在孩子身上;有些孩子本来只有一些自闭倾向，父母却因他表现不如别的孩子，就对他大肆指责，甚至大施拳脚，使倾向演变成真正的自闭症。还有一种“蛋壳理论”认为，现代住宅过于封闭，孩子被关在里面，缺乏与外界的交流，容易导致孩子患上自闭症。饮食、水源等污染，不仅会影响胎儿，也会导致儿童患上自闭症。
自闭症的原因之二：与生物体本身有关
欧美科学家经过5年的联合研究，在第2、7、16和19对染色体上发现了导致儿童孤独症的切面。这一发现为彻底解开孤独症之谜，为预防和治疗孤独症带来了新的希望。至今，科学家一直观察不到孤独症儿童的大脑发育和活动情况。
但研究一直没有间断，在神经病理学方面，通过动物模型研究，一些研究者发现大脑边缘系统可能与孤独症有密切关系。
边缘系统中主要是杏仁核和海马回与孤独症有关，杏仁核呈杏仁形状，是控制人类情感和攻击行为的皮层下中枢。社会行为退缩、强迫行为、不了解危险处境、不能从记忆库存中提取信息、不能调节自己以适应新事件或环境与海马回受损有关。
海马回是负责学习和记忆的一个中枢。孤独症儿童在遇到新情况时不能运用已往储存的信息可能与海马回有关。损伤海马回可以在动物身上重现刻板行为、自我刺激行为和多动行为。
自闭症的原因之三：家庭气氛紧张让孩子备感冷落据统计，目前，儿童患孤独症的人数是以往的3.5倍左右。专家认为，这与家长工作紧张，无暇陪伴孩子或对孩子表现得急躁、缺乏耐心有关。